有人提出，音樂胎教也是存在不足的：

　　1、胎教是一種交叉科學(xué)，它跨越教育學(xué)、醫(yī)學(xué)和生理學(xué)三個門類。醫(yī)學(xué)中的理論、技術(shù)和藥品要用于人類，首先必須經(jīng)過動物實驗，在沒有問題的基礎(chǔ)上，再進行臨床的三期驗證，證明有無毒副作用。從事胎教理論研究和實際工作的人大多是婦產(chǎn)科的臨床醫(yī)生。那么如果說胎教是一種醫(yī)療行為，它就必須遵守醫(yī)師法，醫(yī)師法中的有關(guān)要點有兩個，一是行醫(yī)者必須是職業(yè)醫(yī)師，二是采用的方法要經(jīng)過科學(xué)論證，因此我們要考慮，這些人有沒有胎教醫(yī)師執(zhí)照，如果沒有，就屬于非法行醫(yī)!

　　2、音樂通過母體的傳遞，被胎兒的聽覺神經(jīng)感受到時已不再是原有意義上的和諧的旋律與節(jié)奏，而只是一個單純的物理聲波，是有害的噪聲。

　　3、通過刺激，胎兒有所反應(yīng)的確是事實，但如何證明這是一種良性的，而不是惡性的反應(yīng)，要給出的嚴格證明是非常復(fù)雜的，缺少了這樣的證明的科學(xué)只能是偽科學(xué)。

　　4、從純生理學(xué)的角度來看，這些實驗都是不符合生理學(xué)原則的，他們根本沒有按生理學(xué)原則來設(shè)計這些實驗。它所呈現(xiàn)的那些規(guī)律要經(jīng)受時間、空間的考驗，這樣才能稱其為科學(xué)。